Allprep dna rna mirna universal kit
Kit Mirneasy 96
Las lecturas de secuenciación se recortaron en busca de adaptadores y bases de baja calidad utilizando Trimmomatic v.0.38Las lecturas recortadas se mapearon en el genoma de Nematostella vectensis utilizando hisat2 v2.1.0Las lecturas mapeadas se utilizaron para los ensamblajes guiados del genoma utilizando StringTie v2.0 y Scallop v0.10.4. Estos ensamblajes se fusionaron utilizando TACO, que luego se utilizó para mejorar el modelo genético de ensemblCuentos de características se utilizó para generar recuentos de lecturas para cada gen en cada muestraConstrucción del genoma: Nemetostella vectensis (Ensembl Metazoa database release 40,)Supplementary_files_format_and_content: gene model in gff3 formatSupplementary_files_format_and_content: Tabla matricial con recuentos de genes en bruto para cada gen y cada muestra
Protocolo del kit de extracción de adn de Qiagen
La sección de Diagnóstico Molecular del BMP Core Shared Resource ofrece el aislamiento de ácido nucleico de una variedad de diferentes tipos de muestras, incluyendo sangre, tejido fresco o congelado, y FFPE (incluyendo la microdisección). El precio de cada extracción incluye la cuantificación del ácido nucleico mediante NanoDrop y la generación de un informe de aislamiento de ácido nucleico. Se aplican tarifas adicionales para los servicios de biorrepositorio e histología de investigación y la cuantificación por Qubit y el análisis RIN de Agilent TapeStation.
Por favor, envíe una solicitud de GNomEx directamente al Laboratorio de Diagnóstico Molecular para muestras humanas y animales desidentificadas (exentas). Consulte la página de envío de muestras para obtener instrucciones adicionales.
El laboratorio de Diagnóstico Molecular recomienda encarecidamente la microdisección de las muestras FFPE para enriquecerlas con células tumorales. Muchas muestras FFPE contienen sólo pequeñas cantidades de tumor, lo que puede afectar significativamente a los resultados posteriores. Le recomendamos encarecidamente que colabore con un patólogo para rodear la zona del tumor en la H&E. Visite nuestra página de preguntas frecuentes para saber más sobre cómo encontrar un patólogo.
Kit de extracción de ADN de Qiagen
Aquí presentamos un protocolo que permite la extracción y purificación simultánea de ADN genómico y ARN total a partir de la misma muestra de tejido vegetal, centrado en las estructuras de alimentación formadas por un nematodo parásito de las plantas, Meloidogyne javanica, en Arabidopsis, y sus respectivas raíces control.
Para obtener las agallas inducidas por M. javanica y sus respectivos segmentos radiculares de control equivalentes de Arabidopsis, las plantas Columbia-0 (Col-0) se infectan con juveniles de M. javanica, las muestras se diseccionan a mano, se recogen y se congelan rápidamente en nitrógeno líquido. La disrupción de los tejidos se realiza en un mortero con un tampón que contiene 2-mercaptoetanol y se homogeneiza utilizando una columna de centrifugado QIAshredder® (QIAGEN®). Tras el procedimiento de homogeneización, el lisado se transfiere a una columna de centrifugación AllPrep® DNA Mini (QIAGEN®) y se centrifuga. Se procede a la purificación del ARN tras una extracción con cloroformo seguida de una incubación con proteinasa K. El ARN total se une a una columna de centrifugado RNeasy® Mini (QIAGEN®), se lava y se incuba con DNasa. Finalmente se lava varias veces y se eluye. A continuación, se inicia la extracción de ADN genómico utilizando la columna de centrifugado AllPrep® DNA Mini (QIAGEN®) restante. El ADN se incuba con proteinasa K y RNasa (RNasa A, QIAGEN®, Hilden, Alemania), se lava y se eluye. Finalmente, el ADN genómico se concentra con un concentrador de vacío. A continuación se realiza la cuantificación y el análisis de la integridad del ARN y del ADN mediante un espectrofotómetro (NanoPhotometer® Classic, Implen, Munich, Alemania), un electroferograma y una electroforesis en gel.
Kit Allprep qiagen
Si no puede utilizar el kit RNeasy Plus con la columna eliminadora de ADNg, recomendamos hacer un tratamiento con DNasa. En el GRC, utilizamos el kit TURBO DNA-free para digerir completamente el ADN en las muestras de ARN con la posterior eliminación de la enzima DNasa. A continuación se muestra una muestra con contaminación de ADNg (aumento de la región entre los picos ribosómicos) antes del tratamiento y después del tratamiento con DNasa.
1. El GRC prefiere el uso de RLT Plus con los kits RNeasy Plus, ya que incluye una columna eliminadora de ADNg. El GRC puede proporcionar a los investigadores que envíen muestras para su extracción con RLT Plus (1 mL de RLT Plus y 10uL de BME).